На основании каких документов определяется налоговая ставка на пикапы и фургоны?

Основным документом, удостоверяющим все характеристики транспортного средства, является паспорт транспортного средства.
В соответствии с Положением о паспортах транспортных средств и шасси транспортных средств (ТС), утвержденным совместным приказом МВД РФ №496, министерства промышленности и энергетики РФ №192, Министерства экономического развития и торговли РФ №134 от 23.06.2005г. ПТС выдаются организациями-изготовителями ТС (шасси), таможенными органами или подразделениями Госавтоинспекции. В строке "3. Наименование (тип ТС)" согласно п.27 "Положения" указывается характеристика ТС, определяемая его назначением.  и конструкторскими особенностями. В соответствии с правилами регистрации при регистрации тс проводится их осмотр, в ходе которого устанавливается, что действительная конструкция авто соответствует зафиксированному в ПТС типу ТС.
В приложении А к ГОСТ 51709-2001 "Автотранспортные средства. Требования безопасности к техническому состоянию и методы проверки" приведена  международная классификация АТС, принятая в правилах ЕЭК ООН. Механические ТС для перевозки грузов, максимальная масса которых не более 3,5 тонн, относятся в данной классификации К категории "N1".  Аналогичная классификация транспортных средств имеется и в Приложении 3 "Положения о ПТС".
ГИБДД руководствуется при осуществлении выписки регистрационных документов инструкцией по учету автомототранспортных средств и специальной продукции ГАИ, утвержденной приказом МВД России от 31.03.1995 №125. В приложении 7 к данной инструкции фургоны для перевозки грузов, а также тип "Грузовой бортовой" входят в раздел " грузовые автомобили".
В соответствии с п.28 "Положения о ПТС" в строке "4. Категория ТС (А,В,С,D,прицеп)" указывается категория, которая соответствует классификации транспортных средств установленной Конвенцией о дорожном движении, принятой на Венской Конференции ООН по дорожному движению в 1968г. и ратифицированной Указом Президиума Верховного Совета СССР 29 апреля 1974г. Категория "В" - это все автомобили, разрешенная максимальная масса которых не выше 3500 кг и количество сидячих мест которых, кроме водителя, не превышает 8.
Иначе говоря, имеющие категорию "В", но тип ТС "фургон", "грузовой бортовой" автомобили по существующей классификации являются грузовыми автомобилями, откуда и определяется налоговая ставка пикапов и фургонов.